工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！不过不论如何总要一拼，楚翔和宋军便想出手，李英杰也准备按下启爆开关将通道炸塌阻住对方，可是突然间的下一秒里他们浑身无力，身体竟然动弹不得半分，楚翔急得冷汗直冒，但他拼尽全力就是无法让手指动上一动，好像置身于一个巨大压力的容器内，每挪动一毫米都会费尽所有体力。